据《湖州府志》第二十卷第八页未一行记载：宝云寺，在府城东陈墩村（神墩村），五代周朝显德中建号：【宝寿院】，宋治平二年改称宝云寺。该寺曾有九座大殿，气势十分庄严，同住三百多僧侣，十三代高僧相传，香火甚旺。民间传说：曾与杭州灵隐寺等同期始建或重建，互派高僧佛法交流的说法。乾隆下江南时曾到过宝云寺并为题匾。改革开放后， 1993年经湖州市人民政府批准宝云寺为宗教活动场所，由当地信土发心在原址的东侧横街重建千年宝云古寺。

  宝云寺虽说有一千多年的历史，却憾于历史上的兴废成败，传承已无法考证，至文革后期更是一物无存。宝云寺原在现在寺址向西一百米，解放前寺院的规模还很大，据当地村民姚凤宝居士说：“当时的规模有九殿十三间，寺院的墙基有一米多厚，五、六十年前，寺中僧人尚有上百之众。”文革结束后、改革开放了、 经济发展了，寺院旧址被一家机械厂征用。宝云寺也就迁到了现在这个地方。当时寺中仅有五百多平方米的一幢四合院。

  2000年后，bet365mobile聘任仁深法师住持本寺后，传承古寺遗风，在上海、安微等地建立办事处扩大全社会影响，大力弘扬佛法，集众人之力到佛学院邀请僧侣入住，并征地和改扩建寺，香火兴旺，发展迅速。目前常住僧侣、居士30余人，占地30 亩，总建筑 8000平方米，已投资 1900 万元，2013年宝寿大殿已开工。现为南浔区规模最大的寺院，住持仁深法师为bet365mobile理事，南浔区佛教协会常务副会长兼秘书长。宝云寺多次被bet365mobile评为先进寺庙。